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第一章 牡丹种质资源研究1

第一节 牡丹种质资源1

一、牡丹野生种质资源2

二、牡丹栽培品种资源6

第二节 牡丹种质资源研究进展9

一、牡丹种质资源研究方法9

二、牡丹野生种质资源亲缘关系研究14

三、栽培牡丹与野生种遗传关系的研究16

四、牡丹栽培品种研究18

五、牡丹核心种质研究20

六、牡丹遗传图谱研究21

第三节 牡丹DNA分子标记研究意义22

第二章DNA分子标记技术概述23

第一节DNA分子标记类型23

一、基于Southern杂交的分子标记24

二、基于PCR技术的分子标记24

三、基于DNA序列和芯片的分子标记25

第二节 主要DNA分子标记技术多态性原理及在牡丹中的应用27

一、基于通用引物的DNA分子标记27

二、基于重复序列的分子标记多态性原理29

三、基于反转录转座子的DNA分子标记多态性原理32

第三章DNA分子标记实验技术36

第一节 牡丹基因组DNA的提取36

一、改良CTAB法提取牡丹基因组DNA36

二、SDS法提取牡丹基因组DNA38

三、月桂酰基肌氨酸钠提取牡丹基因组DNA39

四、牡丹基因组DNA的快速提取方法40

第二节 牡丹DNA的定量与纯度检测41

一、紫外光谱分析41

二、二苯胺显色法分析42

三、琼脂糖凝胶电泳检测43

四、Nanodrop测定DNA浓度44

五、Qubit测定DNA浓度45

第三节 引物设计45

一、引物设计的主要步骤46

二、引物设计原则48

第四节 聚合酶链反应49

一、PCR操作步骤49

二、PCR反应体系的组成与反应条件的优化50

第五节 牡丹DNA分子标记电泳检测方法53

一、琼脂糖凝胶电泳检测53

二、聚丙烯酰胺凝胶电泳检测55

三、DNA银染56

第六节 序列的克隆方法58

一、扩增产物的回收与纯化59

二、LB固、液培养基的制备59

三、大肠杆菌感受态细胞的制备60

四、回收产物的克隆和转化60

五、大肠杆菌质粒的提取及阳性菌检测61

第四章 牡丹随机扩增多态性DNA分子标记63

第一节RAPD分子标记技术概述63

一、RAPD分子标记技术原理63

二、RAPD分子标记技术特点63

第二节RAPD分子标记的研究与应用64

一、RAPD在植物研究中的应用64

二、RAPD在牡丹研究中的应用67

第五章 牡丹扩增片段长度多态性分子标记69

第一节AFLP分子标记技术概述69

一、AFLP分子标记技术原理69

二、AFLP分子标记关键技术70

三、AFLP分子标记技术特点71

第二节AFLP分子标记的研究与应用72

一、AFLP分子标记在植物研究中的应用72

二、AFLP分子标记在牡丹研究中的应用75

第三节 牡丹品种遗传多样性的AFLP分析76

一、材料与方法76

二、不同引物组合扩增产物的多态性79

三、聚类分析80

四、AFLP指纹图谱的特征和不同引物组合的检测效率81

五、讨论82

第六章 牡丹相关序列扩增多态性分子标记84

第一节SRAP分子标记技术概述84

一、SRAP分子标记技术原理84

二、SRAP分子标记关键技术85

三、SRAP分子标记技术特点85

第二节SRAP分子标记的研究与应用86

一、SRAP分子标记在植物研究中的应用86

二、SRAP分子标记在牡丹研究中的应用88

第三节 牡丹SRAP-PCR反应体系的建立89

一、材料与方法89

二、牡丹SRAP反应体系的正交优化结果91

三、讨论92

第四节 不同花色牡丹品种亲缘关系的SRAP分析93

一、材料与方法93

二、不同引物组合扩增结果的多态性分析95

三、聚类分析97

四、主坐标分析97

五、讨论99

第七章 牡丹目标起始密码子多态性分子标记100

第一节SCoT分子标记技术概述100

一、SCoT分子标记技术原理100

二、SCoT分子标记技术特点101

三、SCoT分子标记的研究与应用102

第二节 牡丹SCoT分子标记正交优化及引物筛选103

一、材料与方法103

二、牡丹SCoT反应体系的正交优化分析105

三、SCoT-PCR反应体系稳定性验证及引物的筛选107

第三节 不同花色牡丹种质资源SCoT分析109

一、材料与方法109

二、扩增产物多态性分析111

三、聚类分析111

四、讨论112

第八章 牡丹保守DNA衍生多态性分子标记114

第一节CDDP分子标记概述114

一、CDDP分子标记技术原理114

二、CDDP分子标记技术特点115

第二节CDDP分子标记的研究与应用117

一、CDDP分子标记在植物研究中的应用117

二、CDDP分子标记在牡丹研究中的应用117

第九章 牡丹简单重复序列分子标记引物开发120

第一节 牡丹SSR分子标记引物的开发方法120

一、数据库查询120

二、磁珠富集法开发SSR引物121

三、二代测序技术开发SSR引物122

第二节 磁珠富集法开发牡丹SSR标记引物123

一、材料与方法123

二、微卫星序列分离与分析126

三、微卫星引物设计129

第三节 基于EST序列开发牡丹SSR标记引物130

一、材料与方法131

二、牡丹EST- SSR分析132

三、牡丹EST- SSR引物的开发与筛选134

第十章 牡丹简单重复序列分子标记137

第一节SSR分子标记技术概述137

一、SSR分子标记研究发展137

二、SSR分子标记技术原理138

三、SSR分子标记技术特点138

第二节SSR分子标记研究与应用139

一、在植物研究中的应用139

二、牡丹基因组中SSR分子标记的频率及分布141

三、SSR分子标记在牡丹研究中的应用142

第三节 不同牡丹种质资源SSR评价分析144

一、材料与方法145

二、多态性SSR引物的筛选146

三、SSR扩增产物多态性分析146

四、聚类分析147

五、讨论148

第十一章 牡丹简单重复序列区间分子标记151

第一节ISSR分子标记概述151

一、ISSR分子标记技术原理151

二、ISSR分子标记技术特点154

第二节ISSR分子标记的研究与应用154

一、ISSR分子标记在植物研究中的应用154

二、ISSR分子标记在牡丹研究中的应用156

第十二章 牡丹反转录转座子序列的分离160

第一节 植物反转录转座子161

一、植物反转录转座子概述161

二、反转录转座子的类型及结构162

第二节 牡丹反转录转座子LTR序列的分离164

一、巢式PCR方法分离牡丹LTR序列164

二、利用iPBS方法分离牡丹反转录转座子LTR序列173

第三节 牡丹LINE类反转录转座子RT序列的克隆及分析178

一、材料与方法178

二、PCR反应体系及扩增程序的优化179

三、牡丹LINE类反转录转座子RT序列的普遍存在性181

四、牡丹LINE类反转录转座子RT序列的分析181

五、牡丹LINE类反转录转座子RT序列聚类分析189

六、讨论191

第四节 植物LTR类反转录转座子序列分析方法192

一、LTR类反转录转座子序列的比对软件192

二、LTR类反转录转座子序列的识别鉴定软件194

三、LTR类反转录转座子分析识别流程196

四、讨论197

第十三章 牡丹序列特异扩增多态性分子标记199

第一节SSAP分子标记技术概述199

一、SSAP分子标记技术原理199

二、SSAP分子标记技术特点200

第二节 牡丹种质资源SSAP分子标记分析200

一、材料与方法200

二、引物筛选206

三、SSAP多态性分析207

四、SSAP聚类分析209

五、DNA指纹图谱构建212

六、讨论217

第十四章 牡丹iPBS和RRSAP分子标记219

第一节iPBS分子标记概述219

一、iPBS分子标记技术特点219

二、iPBS分子标记的研究与应用220

第二节 牡丹组野生种（居群）和部分栽培种遗传多样性的iPBS分析221

一、材料与方法221

二、PCR扩增结果223

三、iPBS遗传相似系数分析223

四、iPBS聚类分析225

五、讨论226

第三节 牡丹 RRSAP分子标记概述227

第四节 部分牡丹种质资源亲缘关系的RRSAP分子标记研究228

一、材料与方法228

二、引物筛选结果231

三、RRSAP分子标记多态性分析231

四、RRSAP分子标记相似系数234

五、RRSAP分子标记聚类分析234

六、讨论235

第十五章 其他分子标记方法237

第一节 基于叶绿体DNA的分子标记237

一、叶绿体DNA的结构和特点237

二、基于叶绿体DNA的分子标记及应用239

三、基于叶绿体DNA的分子标记在牡丹中的应用240

第二节 基于核糖体DNA的分子标记242

一、核糖体DNA的结构与特点242

二、基于核糖体DNA的分子标记在植物中的应用243

三、基于核糖体DNA的分子标记在牡丹中的应用244

参考文献246