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第Ⅰ部分 学术规范与背景知识3

第1章 可视化数据及其学术规范3

1.1 可视化数据的精确表示4

1.1.1 误表示发生的时机5

1.1.2 图像的种类7

1.1.3 创作者须知8

1.1.4 使用标准与参考值8

第2章 图像通用规则11

2.1 规则12

2.2 图像获取阶段13

2.2.1 准备样本13

2.2.2 优化成像系统14

2.2.3 关闭自动过滤功能14

2.2.4 位深度15

2.2.5 裁切18

2.2.6 明场图像白平衡的颜色19

2.2.7 噪声图像与帧平均21

2.2.8 存档23

2.2.9 操作规程23

2.3 后期处理阶段24

2.3.1 全局修正及应用24

2.3.2 裁切与修齐25

2.3.3 颜色模式变换25

2.3.4 改变位深度27

2.3.5 颜色校正28

2.3.6 数码相机中的彩色噪声28

2.3.7 合并及图像栈功能29

2.3.8 标志、文字、标尺31

2.4 适应输出阶段31

2.4.1 减少位深度31

2.4.2 白色（或黑色）极限32

2.4.3 调整图像大小32

2.4.4 颜色模式的变换：从RGB到CMYK35

2.4.5 文件格式36

2.4.6 说明文档36

2.5 后期处理中禁止的操作37

2.5.1 污点修正37

2.5.2 从一幅图像向另一幅图像移取特征38

2.5.3 有目的地操作可视化数据38

2.5.4 改变图像大小（子采样）38

2.5.5 使用亮度／对比度工具39

2.5.6 复制／粘贴操作39

第3章 特定图像类型的规则41

3.1 测量OD/I的图像42

3.1.1 平板扫描仪上的电泳样本43

3.1.2 图像获取43

3.1.3 后期处理47

3.1.4 使用照相机／扫描光束系统获取测量OD/I的图像47

3.1.5 图像获取48

3.1.6 后期处理51

3.2 表示性图像54

3.2.1 图像获取55

3.2.2 后期处理57

3.2.3 适应输出60

3.3 用于量化和可视化的图像61

3.3.1 可视化62

3.3.2 图像获取63

3.3.3后期处理64

第Ⅱ部分 输入、校正与输出71

第4章 获取最佳输入71

4.1 用标准（复式）显微镜获取图像72

4.1.1 精确表示72

4.1.2 均匀照明73

4.1.3 减少噪声73

4.1.4 显微镜设置73

4.1.5 在相机或获取软件中获取图像74

4.2 激光共聚焦扫描系统83

4.2.1 按照用途分类的共焦成像84

4.2.2 共焦系统的成像步骤85

4.3 平板扫描仪88

4.3.1 平板扫描仪的预扫描设置89

4.3.2 通用的扫描过程91

4.3.3 关于扫描的几点提示93

4.4 立体显微镜成像94

4.4.1 控制眩光与照明95

4.4.2 关于复杂样本成像的几点提示97

4.5 环境成像98

4.5.1 曝光时间与光圈98

4.5.2 照明98

4.5.3 校准相机102

4.6 PowerPoint及其他程序中的图像102

4.6.1 将复制粘贴作为（低劣的）解决方法103

4.6.2 保持分辨率不变的最佳方法104

第5章 Photoshop设置与标准过程109

5.1 颜色和对比度匹配的方法110

5.2 颜色设置113

5.2.1 非同步114

5.2.2 工作空间114

5.2.3 颜色管理方案115

5.2.4 转换选项116

5.3 标准过程117

5.3.1 输出色阶和Color Sampler工具118

5.3.2 寻找黑色和白色参考点118

5.3.3 设置白色和黑色输出色阶118

第6章 打开图像与初始化步骤123

6.1 图像校正流程表124

6.2 打开图像126

6.2.1 Bridge数据库程序（适用于CS2和CS3）126

6.2.2 Smart Object或复制图像127

6.2.3 打开时存在问题的文件128

6.2.4 在Adobe Camera Raw中打开图像131

6.2.5 打开多幅图像，合并为一幅图像133

6.2.6 用于合成或分层的图像栈136

6.2.7 打开多幅图像进行照片合并（照片缝合）139

6.3 预校准修正140

6.3.1 Indexed Color（转换为RGB Color）141

6.3.2 校正不均匀照明141

6.3.3 问题图像145

6.3.4 减少噪声148

第7章 颜色校正与最终步骤157

7.1 明场颜色校正与RGB颜色转换为CMYK158

7.1.1 精确的颜色校正158

7.1.2 参考区域159

7.1.3 色调与饱和度159

7.1.4 彩色噪声160

7.1.5 白色或灰色吸管方法160

7.1.6 与参考图像的颜色匹配163

7.1.7 其他手动或自动颜色校正方法167

7.1.8 降低饱和度、修正色调，使图像符合CMYK标准172

7.1.9 彩色边缘现象与彩色噪声的消除175

7.2 明场图像彩色模式到灰度模式的变换175

7.3 单色暗场图像177

7.3.1 设置黑白极限与亮度匹配178

7.3.2 单色图像转换为灰度图像180

7.3.3 彩色化灰度图像181

7.3.4 修正现有的颜色182

7.3.5 显示共区域化／共存183

7.3.6 使图像符合CMYK标准183

7.3.7 彩色化、脱色动作187

7.4 利用伪彩色和彩色化将灰度图像转换为彩色图像188

7.3.1 根据颜色表伪彩色化图像188

7.4.2 色调分离190

7.5 灰度图像的调色191

7.6 锐化192

7.6.1 Unsharp Mask锐化方法193

7.6.2 High Pass锐化方法194

7.7 Gamma196

第8章 制作插图／图解与适应输出199

8.1 制作插图或图解200

8.1.1 自动的保留分辨率法201

8.1.2 手动的保留分辨率法203

8.1.3 自动的出版分辨率法204

8.1.4 手动的出版分辨率法205

8.1.5 匹配图像背景208

8.1.6 为插图添加文字209

8.1.7 对齐文本、编号及符号212

8.1.8 将文本和直线图层合并为单个图层215

8.1.9 符号、形状及箭头216

8.2 编辑图表217

8.3 图像中的局部图218

8.4 针对输出的重采样（Image Size）219

8.5 锐化、Gamma、CMYK Color及保存插图221

8.6 输出223

8.6.1 喷墨打印223

8.6.2 激光打印229

8.6.3 电子文档230

第Ⅲ部分 分割与量化237

第9章 从背景中提取相关特征237

9.1 使用Photoshop还是体视学来分割图像238

9.1.1 体视学238

9.1.2 计算机辅助图像测量239

9.1.3 混用两种方法239

9.1.4 手动测量240

9.2 计算机辅助测量中分割图像的过程240

9.2.1 针对需要的校正检查图像242

9.2.2 特征聚集或求平均特征244

9.2.3 彩色图像：寻找对比度最高的灰度通道或者根据颜色选择245

9.2.4 识别特征与背景的边界249

9.2.5 应用High Pass滤镜249

9.2.6 使用Threshold进行二值化251

9.2.7 修改二值化的图像252

9.2.8 参考区域256

9.2.9 使用相关图像测试分割过程257

9.2.10 直方图和线性直方图匹配257

9.2.11 创建动作（或脚本）将所有步骤自动化259

9.3 手动分割260

9.3.1 使用网格分割图像260

9.3.2 创建小的、固定的选区261

9.3.3 使用Lasso或Magic Wand工具手动选择262

第10章 测量图像265

10.1 测量所选择的特征266

10.2 在旧的Photoshop版本中获取测量值272

10.3 在Photoshop中测量共区域化／共存273

10.4 使用数据库／电子表格程序来区分特征274

参考文献277