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第一章 生物序列资源1

学习目标1

知识要点1

一、引言1

二、NCBI数据库与数据资源1

三、UCSC基因组浏览器与数据资源2

四、EMBL-EBI数据库与数据资源3

五、重要的非编码基因数据库4

复习思考题5

一、名词解释5

二、问答题5

答案与题解5

第二章 序列比对8

学习目标8

知识要点8

一、引言8

二、比对算法概要9

三、数据库搜索10

四、比对软件、参数与数据资源11

五、比对技术的发展12

复习思考题12

一、选择题12

二、名词解释13

三、问答题13

四、上机实践13

答案与题解14

第三章 序列特征分析16

学习目标16

知识要点16

一、引言16

二、DNA序列特征分析16

三、蛋白质序列特征分析17

四、RNA序列与结构特征分析19

五、表达序列特征分析19

复习思考题20

一、选择题20

二、名词解释21

三、问答题21

四、上机实践21

答案与题解22

第四章 分子进化分析28

学习目标28

知识要点28

一、引言28

二、系统发生树分析与重建28

三、核苷酸和蛋白质的适应性进化29

四、分子进化与生物信息学30

复习思考题30

一、选择题30

二、问答题31

三、计算题31

答案与题解31

第五章 基因芯片数据分析36

学习目标36

知识要点36

一、引言36

二、基因表达的测定平台、数据库36

三、数据的预处理、差异表达分析37

四、基因芯片数据的聚类或分类分析40

五、基因表达分析的常用软件44

复习思考题45

一、选择题45

二、问答题46

三、上机实践46

答案与题解47

第六章 蛋白质组与蛋白质结构分析50

学习目标50

知识要点50

一、引言50

二、蛋白质组数据的获取与分析50

三、蛋白质结构的预测51

四、蛋白质结构数据库52

五、蛋白质功能分析52

六、蛋白质结构异常与疾病52

复习思考题53

一、选择题53

二、名词解释54

三、问答题54

四、上机实践54

答案与题解54

第七章 基因注释与功能分类57

学习目标57

知识要点57

一、引言57

二、基因注释数据库57

三、基因集功能富集分析57

四、基因功能预测59

复习思考题60

一、选择题60

二、问答题60

三、上机实践60

答案与题解60

第八章 转录调控的信息学分析62

学习目标62

知识要点62

一、引言62

二、转录因子结合位点的信息学预测方法62

三、转录调控相关数据库63

复习思考题64

一、选择题64

二、名词解释64

三、问答题64

四、上机实践64

答案与题解65

第九章 生物分子网络和通路67

学习目标67

知识要点67

一、生物分子网络概述67

二、生物分子网络分析68

三、生物分子网络重构69

复习思考题71

一、选择题71

二、名词解释72

三、问答题73

四、上机实践73

答案与题解74

第十章 计算表观遗传学78

学习要点78

内容要点78

一、引言78

二、基因组的DNA甲基化78

三、组蛋白修饰的表观基因组80

四、基因组印记82

五、表观遗传学数据库和软件82

复习思考题83

一、选择题83

二、名词解释86

三、问答题86

答案与题解87

第十一章 复杂疾病的分子特征与计算分析90

学习目标90

知识要点90

一、引言90

二、复杂疾病的分子特征与数据资源90

三、复杂疾病的遗传易感与遗传定位分析91

四、常用的集成软件工具93

复习思考题94

一、选择题94

二、名词解释95

三、问答题96

四、上机实践96

答案与题解96

第十二章 非编码RNA与复杂疾病100

学习目标100

知识要点100

一、miRNA的特点及作用机制100

二、miRNA靶基因预测100

三、lncRNA及作用机制101

四、ncRNA主要数据资源101

五、ncRNA多态性分析102

六、利用ncRNA表达谱研究复杂疾病102

七、复杂疾病非编码RNA的计算识别102

复习思考题103

一、选择题103

二、问答题105

三、上机实践105

答案与题解106

第十三章 新一代测序技术与复杂疾病研究108

学习目标108

知识要点108

一、引言108

二、新一代测序技术概述108

三、DNA测序技术及应用110

四、RNA测序技术与数据分析111

五、ChIP-seq技术原理及分析方法113

六、新一代测序技术在其他领域应用114

复习思考题115

一、选择题115

二、名词解释117

三、问答题117

四、上机实践118

答案与题解118

第十四章 药物生物信息学122

学习目标122

知识要点122

一、引言122

二、药物靶标的信息学识别122

三、药物基因组学及其临床研究策略126

四、药物基因组相关生物信息资源127

五、基于药物基因组的个体化药物治疗128

复习思考题129

一、名词解释129

二、选择题129

三、问答题130

四、上机实践130

答案与题解131