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第1章 概论1

1.1 本章简介1

1.2 序列测定1

1.3 什么是生物信息学3

1.4 序列和结构4

1.5 基因组计划5

1.6 人类基因组计划现状7

1.7 生物信息学的重要性8

1.8 模式识别和结构功能预测10

1.9 蛋白质折叠问题12

1.10 分子伴侣13

1.11 序列分析14

1.12 同源性和相似性15

1.13 生物信息学研究中的挑战性问题17

1.14 本章小结20

1.15 进一步阅读指南21

第2章 信息网络24

2.1 本章简介24

2.2 因特网24

2.3 IP地址25

2.4 因特网上的实用工具26

2.5 万维网27

2.6 网络浏览器27

2.7 HTTP，HTML和URL29

2.8 欧洲分子生物学网络组织31

2.9 美国国家生物技术信息中心——NCBI38

2.10 网络导游39

2.11 本章小结41

2.12 进一步阅读指南41

2.13 有关网址42

第3章 蛋白质数据库43

3.1 本章简介43

3.2 生物信息数据库43

3.3 序列数据库45

3.4 蛋白质序列复合数据库52

3.5 蛋白质序列二次数据库55

3.6 蛋白质序列模式复合数据库75

3.7 结构分类数据库75

3.8 本章小结79

3.9 进一步阅读指南80

3.10 有关网址82

第4章 基因组信息资源83

4.1 本章简介83

4.2 DNA序列数据库83

4.3 特定基因组资源91

4.4 本章小结95

4.5 进一步阅读指南95

4.6 有关网址96

第5章 DNA序列分析97

5.1 本章简介97

5.2 DNA序列分析的意义97

5.3 基因结构与DNA序列99

5.4 DNA序列分析102

5.5 EST数据库搜索108

5.6 寻找基因的两种途径112

5.7 细胞表达谱113

5.8 cDNA文库和EST114

5.9 EST序列数据库115

5.10 EST数据对DNA数据库的影响120

5.11 EST序列分析示例124

5.12 本章小结129

5.13 进一步阅读指南130

第6章 双序列比对131

6.1 本章简介131

6.2 数据库检索和数据库搜索131

6.3 字母表和复杂度133

6.4 算法和程序133

6.5 双序列比对简例133

6.6 子序列134

6.7 同一性和相似性135

6.8 点阵图142

6.9 局部相似性和整体相似性145

6.10 整体比对算法146

6.11 局部比对算法150

6.13 基于双序列比对的数据库搜索153

6.12 动态规划算法153

6.14 本章小结159

6.15 进一步阅读指南160

第7章 多序列比对162

7.1 本章简介162

7.2 多序列比对的意义162

7.3 多序列比对的定义163

7.4 调和序列164

7.5 算法复杂性165

7.6 手工比对方法166

7.7 同步法168

7.8 步进法168

7.9 多序列比对数据库170

7.10 基于多序列比对的数据库搜索174

7.11 本章小结175

7.12 进一步阅读指南176

第8章 二次数据库搜索177

8.1 本章简介177

8.2 二次数据库搜索的意义177

8.3 二次数据库的内容178

8.4 本章小结198

8.5 进一步阅读指南199

第9章 数据库搜索实例200

9.1 本章简介200

9.2 基本方法200

9.3 判断搜索结果219

9.4 结构和功能分析220

9.5 本章小结226

9.6 进一步阅读指南227

10.2 序列分析软件包228

第10章 序列分析软件包228

10.1 本章简介228

10.3 商业数据库232

10.4 商业软件包232

10.5 综合软件包233

10.6 其他DNA序列分析软件237

10.7 内联网软件包238

10.8 因特网软件包240

10.9 本章小结243

10.10 进一步阅读指南243

10.11 有关网址244

中译版参考书目245

词汇表(汉英部分)247

词汇表(英汉部分)262

译后记277