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第一篇 现代放线菌分类学原理2

第一章 放线菌分类学的过去和现在2

第一节 国外概况2

第二节 国内概况5

第三节 放线菌的分类地位6

第二章 形态特征和培养特征在分类中的意义10

第一节 放线菌的基本形态10

第二节 放线菌形态特征和培养特征的稳定性11

第三章 化学分类原理13

第一节 细胞壁化学类型14

第二节 全细胞水解物糖类型16

第三节 肽聚糖类型18

第四节 磷脂18

第五节 脂肪酸21

第六节 甲基萘醌26

第四章 分子分类原理29

第一节 蛋白质图谱31

第二节 DNA的GC克分子百分比35

第三节 DNA-DNA分子杂交37

第四节 DNA-RNA分子杂交42

第五节 DNA探针及其应用44

第五章 rRNA核苷酸序列分析在分类中的应用50

第一节 基本原理50

第二节 16SrRNA核苷酸序列分析方法之一56

一、基本原理56

二、引物设计56

三、引物的合成和纯化61

四、模板RNA提取62

五、RNA纯化63

六、测序64

七、试剂配制67

第三节 RT-PCR方法71

一、rRNA制备72

二、cDNA的合成73

三、PCR扩增74

四、制备pBluescript KS＋重组质粒77

五、重组质粒转入E.coli79

六、从E.coli提取DNA81

七、测定DNA核甘酸顺序82

第四节 结果的分析整理89

一、相似性计算89

二、构建进化（系统发育）树（Phylogenetic tree）89

第五节 问题和展望89

第六章 数值分类原理92

第一节 基本原则92

第二节 方法95

第三节 程序96

第四节 结果分析102

第五节 数值分类的应用103

第七章 综合分类105

第一节 放线菌分类的基本程序105

第二节 信息是分类研究的生命线106

主要参考文献（Ⅰ）108

第二篇 各 论114

第八章 放线细菌群Actinobacteria114

第一节 壤霉菌属Agromyces114

第二节 杆菌属Arthrobacter115

第三节 原小单孢菌属Promicromonospora115

第四节 厄氏菌属Oerskovia116

第五节 放线菌属Actinomyces116

第六节 短杆菌属Brevibacterium117

第九章 游动放线菌群Actinoplanetes118

第一节 游动放线菌属Actinoplanes119

第二节 小瓶菌属Ampullariella120

第三节 嗜毛水生菌属Pilimelia121

第四节 指孢囊菌属Dactylosporangium124

第五节 小孢链菌属Catellatospora125

第六节 小单孢菌属Micromonospora127

第十章 马杜拉菌群Maduromycetes130

第一节 马杜拉放线菌属Actinomadura131

第二节 小双孢菌属Microbispora134

第三节 小四孢菌属Microtetraspora136

第四节 游动双孢菌属Planobispora138

第五节 游动单孢菌属Planomonospora138

第六节 游动多孢菌属Planopolyspora139

第七节 螺孢菌属Spirillospora140

第八节 链孢囊菌属Streptosporangium140

第九节 草孢菌属Herbidospora143

第十节 游动链孢菌属Streptoplanospora143

第十一节 中国孢囊菌属Cathayosporangium144

第十一章 小多孢菌群Micropolyspores145

第一节 放线多孢菌属Actinopolyspora146

第二节 糖多孢菌属Saccharopolyspora146

第三节 无枝菌酸菌属Amycolata147

第四节 拟无枝菌酸菌属Amycolatopsis148

第五节 假无枝菌酸菌属Pseudoamycolata149

第六节 小多孢菌属Micropolyspora149

第七节 拟孢囊菌属Kibedelosporangium150

第八节 假诺卡氏菌属Pseudonocardia151

第九节 糖单孢菌属Saccharomonospora152

第十节 双孢放线菌属Actinobispora152

第十一节 游动四孢菌属Planotetraspora153

第十二章 多腔孢囊菌群Multilocular Sporangia154

第一节 地嗜皮菌属Geodermatophilus154

第二节 嗜皮菌属Dermatophilus155

第三节 弗兰克氏菌属Frankia156

第十三章 诺卡氏菌群Nocardioforms158

第一节 乳酸杆菌属Caseobacter158

第二节 棒杆菌属Corynebacterium159

第三节 红球菌属Rhodococcus159

第四节 分枝杆菌属Mycobacterium160

第五节 诺卡氏菌属Nocardia161

第十四章 类诺卡氏菌群Nocardioides163

第十五章 链霉菌群Streptomycetes165

第一节 间孢囊菌属Intrasporangium165

第二节 动孢菌属Kieosporia166

第三节 鱼孢菌属Sporichthya167

第四节 链霉菌属Streptomyces168

第十六章 高温单孢菌群Thermomonospores177

第一节 高温单孢菌属Tnermomonospora177

第二节 束丝菌属Actinosynnema178

第三节 拟诺卡氏菌属Nocardiopsis179

第四节 糖丝菌属Saccharothrix180

第五节 链异壁菌属Streptoalloteichus181

第六节 珊瑚放线菌属Actinocarallia181

第七节 库茨勒菌属Kutzneria182

第十七章 未归群各属Other Genera183

第一节 糖霉菌属Glycomyces184

第二节 游动短孢链菌属Catenuloplanes184

第三节 库奇游动菌属Couchioplanes185

第四节 高温放线菌属Thermoactinomyces185

主要参考文献（Ⅱ）187

附：198

一、评论：近五年放线菌分类研究的进展198

二、构建微生物分子分类系统进化树的快速算法与数据结构212

三、系统进化树的图论性质及研究自动绘制算法224