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第一部分Sanger DNA测序3

1Sanger DNA测序3

1.1Sanger测序的基础3

1.2人类基因组计划的未来6

1.3局限性以及未来的机会7

1.4生物信息学是关键8

1.5下一步将往哪里走8

第二部分 新一代测序：通往个性化医疗13

2Illumina基因组分析仪Ⅱ系统13

2.1文库的制备15

2.2簇的创建15

2.3测序16

2.4配对末端读序列17

2.5数据分析17

2.6应用19

2.7结论22

3应用系统生物公司（ABI）SOLiDTM系统：基于连接的测序25

3.1引言25

3.2SOLiDTM系统概述26

3.3SOLiDTM系统应用30

3.4结论34

4新一代基因组测序：454/Roche GS FLX37

4.1引言37

4.2技术概述38

4.3软件和生物信息学40

4.4研究应用42

5聚合酶克隆测序：历史、技术及应用48

5.1介绍48

5.2聚合酶克隆测序的历史48

5.3聚合酶克隆测序53

5.4应用58

5.5结论63

第三部分 瓶颈：序列数据分析67

6新一代测序（NGS）数据分析67

6.1为什么新一代序列分析有所不同？67

6.2序列搜索策略68

6.3什么是击中，为什么它对NGS十分重要？69

6.4记分：为什么NGS的记分不同？71

6.5NGS序列分析的策略72

6.6后续数据分析73

7DNASTAR的新一代软件77

7.1个人基因组及个性化医疗77

7.2新一代DNA测序——作为个性化基因组学的方法77

7.3不同平台的优势78

7.4计算机挑战78

7.5DNASTAR的新一代软件解决方案79

7.6结论81

第四部分 新兴测序技术85

8实时DNA测序85

8.1全基因组分析85

8.2个性化医疗和药物基因组学85

8.3生物防御、法医、DNA测试和基础研究86

8.4简单精巧：实时DNA测序86

9使用Z型DNA分子替换的TEM直接测序89

9.1引言89

9.2方法的逻辑性89

9.3优化改良核苷酸鉴定技术进行DNA序列单独聚合的TEM目力分辨率91

9.4TEM基板和可视化91

9.5利用聚合酶进行Z-标签核苷酸整合93

9.6当前和新的测序技术94

9.7精度95

9.8ZS遗传学公司提出的DNA测序技术的优势96

9.9更长读序列的优势96

10单分子DNA条形码方法及其在DNA图谱和分子单体型中的应用102

10.1引言102

10.2单分子DNA条形码方法中的关键技术103

10.3单分子DNA图谱105

10.4分子单体型108

10.5讨论112

11光学测序：从图像化的单分子模板采集116

11.1引言116

11.2光学测序循环117

11.3光学测序的展望129

12基于微芯片的Sanger DNA测序131

12.1基因组学分析的集成微流体装置131

12.2Sanger测序微流体器件上网络聚合物的改进133

12.3结论136

第五部分 新一代测序：真实地整合基因组分析143

13应用配对末端双标签多重测序进行转录组和基因组分析143

13.1引言143

13.2配对末端双标签（PET）分析的发展144

13.3利用GIS-PET进行转录组分析145

13.4利用ChIP-PET在全基因组上定位转录因子结合位点和表观遗传修饰147

13.5利用ChIA-PET在全基因组上鉴定长距离互作150

13.6展望152

14利用454测序平台研究古基因组学157

14.1引言157

14.2DNA降解的挑战158

14.3DNA降解对古基因组学研究的影响158

14.4降解与测序的准确性160

14.5样品污染162

14.6解决DNA损伤的方法164

14.7解决污染的方法165

14.8还存在哪些基本问题，将来的前景如何167

15ChIP-seq：蛋白质-DNA互作作图171

15.1引言171

15.2历史171

15.3染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）方法172

15.4基于双脱氧标签Sanger测序173

15.5基于杂交的标签测序174

15.6边合成边测序的应用175

15.7ChIP-seq的医学应用177

15.8挑战178

15.9ChIP-seq方法的展望179

16新一代测序技术在MicroRNA的发现和表达谱研究中的应用184

16.1miRNA的背景介绍184

16.2miRNA的鉴定184

16.3实验方法185

16.4验证191

16.5展望191

17基于标签的转录组学分析DeepSAGE，优于微阵列195

17.1引言195

17.2DeepSAGE196

17.3数据分析200

17.4基于标签的转录组表达谱的比较202

17.5表达谱未来的展望203

18新基因组学和个人基因组信息：伦理学问题207

18.1新基因组学和个人基因组信息：伦理学问题207

18.2新基因组学：它的特点是什么？207

18.3伦理学的革新：为什么我们需要它？208

18.4限制条款：全基因组学和本地伦理学观208

18.5医学伦理学和希波克拉底保密性208

18.6生物医学伦理学的原则209

18.7临床研究和知后同意209

18.8大规模研究伦理学：新观念210

18.9个人基因组210

18.10个人基因组计划：允许信息公开212

英汉对照词汇215