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第一章 绪论1

第一节 技术创新促进微生物学的进步与发展1

第二节 微生物学研究技术3

第三节 “组学”时代的微生物学6

第二章 原核生物11

第一节 原核生物的分类与系统学11

第二节 细菌15

第三节 古生菌31

第四节 极端微生物48

第三章 真核微生物54

第一节 真核微生物的分类与系统发育54

第二节 酵母菌61

第三节 霉菌66

第四节 蕈菌80

第四章 无细胞结构生物——病毒96

第一节 概述96

第二节 噬病毒体98

第三节 病毒生态学105

第四节 新生病毒113

第五章 微生物的代谢121

第一节 微生物的代谢体系121

第二节 代谢途径的调控134

第三节 代谢流分析142

第六章 微生物的遗传与育种177

第一节 微生物基因组学177

第二节 分子定向进化育种196

第三节 基因组定点编辑技术208

第七章 现代微生物生态学228

第一节 现代微生物生态学的研究方法228

第二节 微生物的多样性与微生物资源利用247

第三节 微生物与生物地球化学循环257

第四节 组学时代的微生物生态学279

第八章 微生物的分类与鉴定287

第一节 细菌种与物种形成287

第二节 微生物分子鉴定技术293

第三节 细菌鉴定实例299

第四节 放线菌鉴定实例309

第五节 酵母菌鉴定实例315

第六节 真菌的分类与鉴定320

第九章 微生物与食品326

第一节 微生物与传统发酵食品326

第二节 食品微生物快速检测技术335

第三节 组学技术在食品安全中的应用345

第四节 宏基因组学在食品工业中的应用353

第十章 微生物与医药360

第一节 抗生素360

第二节 萜类化合物370

第三节 甾体类化合物376

第四节 微生物多糖381

第五节 黄酮类化合物391

第六节 生物活性肽395

第七节 微生物产生的酶及酶抑制剂396

第十一章 微生物与环境保护398

第一节 环境微生物监测技术398

第二节 微生物与水污染405

第三节 微生物与大气污染414

第四节 微生物对环境污染物的降解416

第五节 微生物修复技术435

第十二章 微生物与能源440

第一节 生物质预处理及水解微生物440

第二节 微生物与燃料乙醇450

第三节 微生物与生物柴油455

第四节 微生物与沼气发酵462

第五节 微生物与生物制氢470

第六节 微生物燃料电池479

第十三章 微生物与农业486

第一节 微生物农药486

第二节 微生物肥料500

第三节 微生物饲料508

参考文献515