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第一部分 网络工具及分析3

1 利用Map Equation Framwork实现网络的社区发现及可视化3

1.1 引言4

1.2 方法综述5

1.3 Map Equation Framework7

1.3.1 Map Equation8

1.3.2 Infomap18

1.4 Map Equation软件包的操作步骤说明19

1.4.1 Map EquationWeb应用20

1.4.2 Infomap命令行软件28

1.4.3 网络输入和输出格式30

2 链接预测36

2.1 引言36

2.2 链接预测过程及其应用38

2.3 数据41

2.4 链接预测工具42

2.4.1 安装43

2.4.2 基本用途43

2.5 链接预测实践44

2.5.1 前处理44

2.5.2 预测器选择45

2.5.3 预测49

2.5.4 评价和解释50

2.5.5 配置文件52

附录：用作Python模型56

3 网络分析与指标58

3.1 引言58

3.2 网络与文献计量学60

3.3 基本网络特性61

3.4 网络数据62

3.5 利用网络科学计量64

3.6 合作网络68

3.7 引文网络77

4 分析引文网络的PageRank相关方法84

4.1 引言85

4.2 PageRank86

4.2.1 PageRank定义86

4.2.2 PageRank计算87

4.2.3 阻尼因子参数88

4.2.4 以随机冲浪方式解释PageRank88

4.3 文献综述89

4.3.1 PageRank的前身89

4.3.2 分析文献引文网络的PageRank方法90

4.3.3 分析作者引文网络的PageRank方法92

4.3.4 分析出版物引文网络的PageRank方法92

4.4 使用说明93

4.4.1 从Web of Science数据库下载书目数据94

4.4.2 用Sci2工具建立一个文献引文网络94

4.4.3 使用MATLAB进行PageRank计算96

第二部分 科学系统103

5 系统生命周期及其与三股螺旋的关系103

5.1 简介103

5.2 相关研究105

5.3 实验假设107

5.4 技术生命周期中的可度量状态107

5.5 使用工具生成结果的步骤108

5.6 关于技术准备水平里程碑5的扩展进化111

5.7 TRL逻辑到改进模型的应用114

5.8 讨论121

6 空间科学计量学与学术影响：近期研究、工具及方法综述126

6.1 引言126

6.2 综述论文选取127

6.2.1 综述范围127

6.2.2 检索过程128

6.3 综述129

6.3.1 出版物和引文影响力的空间分布129

6.3.2 引文影响地理图134

6.3.3 工具和方法137

7 科研人员发表模式及其在作者消歧中的应用142

7.1 引言143

7.2 文献所属作者判别研究综述145

7.3 方法147

7.4 科研人员文献发表模式中的规律149

附录1：期刊学科列表161

附录2：院系学科列表167

8 知识整合与扩散：多样性和连贯性的度量和可视化170

8.1 引言170

8.2 概念框架：知识整合和扩散作为认知多样性与连贯性的变化172

8.3 数据选择和操作方法179

8.3.1 分析单元179

8.3.2 将元素划分类别180

8.3.3 获取关系184

8.3.4 可视化185

8.4 如何计算和可视化知识整合187

8.4.1 多样性测量介绍说明187

8.4.2 计算一组论文多样性的R脚本188

第三部分 统计与基于文本的方法193

9 信息计量研究中的受限因变量模型和概率预测193

9.1 引言194

9.2 数据：在信息计量学中哪些文献被引用195

9.3 二分类变量回归197

9.4 有序变量回归模型203

9.5 计数资料模型208

9.6 Stata中的受限因变量模型215

10 利用Stanford CoreNLP软件进行文本挖掘218

10.1 引言219

10.2 文献计量学研究中的文本挖掘220

10.3 文本挖掘系统的结构222

10.4 Stanford CoreNLP分析器225

10.5 举例说明文本挖掘在文献计量学分析中的应用229

10.6 结果234

11 主题模型：使用主题滤镜评价学术影响力238

11.1 引言238

11.2 主题模型240

11.2.1 语言模型（LM）241

11.2.2 Probabilistic Latent Semantic Indexing模型（pLSI）242

11.2.3 Latent Dirichlet Allocation模型（LDA）242

11.2.4 Author-Topic模型244

11.2.5 Author-Conference-Topic模型245

11.2.6 Hierarchical Latent Dirichlet Allocation模型（Hierarchical LDA）246

11.2.7 Citation LDA模型246

11.2.8 Entity LDA模型247

11.3 主题模型方法在学术交流中的应用248

11.4 主题模型工具：案例研究249

12 机构间引文影响力差别的本质与实际意义：运用效应量与可信区间分析百分位数的指南261

12.1 引言262

12.2 百分位数排名263

12.3 数据与统计软件265

12.4 效应量及相关概念266

12.5 Cohen's d（对于个体机构）271

12.6 机构间的平均值差值274

12.7 比例（既用于单个机构也用于机构间的比较）277

附录：用于分析的Stata代码281

第四部分 可视化289

13 文献计量网络的可视化289

13.1 引言289

13.2 文献综述290

13.2.1 文献计量网络的类型291

13.2.2 可视化方法292

13.3 软件工具296

13.3.1 通用的网络分析工具296

13.3.2 文献计量网络分析和可视化工具297

13.3.3 文献引文网络的分析和可视化工具298

13.4 技术299

13.4.1 VOSviewer299

13.4.2 CitNetExplorer302

13.5 指导手册305

13.5.1 数据采集306

13.5.2 VOSviewer307

13.5.3 CitNetExplorer313

附录：VOSviewer使用的标准化、可视化与聚类技术322

14 可复制的科学学研究325

14.1 用于科学学研究的开放工具326

14.2 科学学（Sci2）工具328

14.2.1 工作流程设计及复制328

14.2.2 数据读取器329

14.2.3 时间分析（何时）330

14.2.4 地理空间分析（何地）333

14.2.5 主题分析335

14.2.6 网络分析337

14.3 职业轨迹339

14.3.1 数据准备分析340

14.3.2 数据可视化及解释341

14.4 讨论与展望345

参考文献348