图书介绍

计算机辅助药物设计实践指南2025|PDF|Epub|mobi|kindle电子书版本百度云盘下载

王先龙编著著
出版社：成都：电子科技大学出版社
ISBN：9787564735050
出版时间：2016
标注页数：329页
文件大小：85MB
文件页数：338页
主题词：药物－计算机辅助设计－指南

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图书目录

第1章 Linux操作系统基础知识1

1.1 Linux操作系统简介2

1.2 Linux操作系统结构4

1.3 Windows系统与Linux系统通信方法5

1.4 Linux系统常用命令14

1.5 文本编辑软件Vim35

1.6 Bash脚本编写38

1.7 作业管理系统41

小结43

练习题43

参考文献44

第2章药物分子结构基础45

2.1 引言46

2.2 二维分子结构图46

2.3 分子图论与SMILES格式50

2.4 分子连接表与三维结构文件格式57

2.5 三维分子模型64

2.6 文件格式转换工具68

2.7 分子力学和分子力场70

2.8 量子化学计算75

小结87

练习题87

进阶阅读材料88

参考文献90

第3章药物作用靶标结构基础91

3.1 引言92

3.2 蛋白质结构测定手段92

3.3 PDB文件结构93

3.4 PyMOL软件105

3.5 同源建模113

3.6 补充缺失的重原子119

3.7 质子化状态和氢原子坐标122

3.8 蛋白质与蛋白质分子对接135

小结142

练习题142

参考文献142

第4章分子对接145

4.1 引言146

4.2 分子对接软件AutoDock和对接流程148

4.3 AutoDock分子对接示例151

4.5 AutoDock Vina分子对接过程169

4.6 PyMOL中AutoDock插件分子对接过程175

4.7 基于分子对接的虚拟筛选185

小结195

练习题195

参考文献196

第5章分子动力学模拟197

5.1 引言198

5.2 基本概念与原理198

5.3 AMBER分子动力学模拟流程200

5.4 泛素蛋白分子动力学模拟201

5.5 Sirtuin 3结合抑制剂复合物动力学模拟219

5.6 DNA片段结合小分子复合物动力学模拟225

5.7 Gromacs分子动力学模拟流程233

小结262

练习题262

参考文献263

第6章基于配体的药物设计265

6.1 引言266

6.2 基本概念271

6.3 分子指纹275

6.4 分子相似性282

6.5 基于相似性和子结构的数据库检索284

6.6 OpenBabel应用于分子相似性检索297

6.7 朴素贝叶斯分类模型302

小结311

练习题312

参考文献312

索引321