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第1章 数量性状遗传研究基础1

1.1遗传学基础及其发展2

1.1.1质量性状遗传与经典遗传学的发展2

1.1.2数量性状遗传与数量遗传学的发展6

1.1.3 DNA标记与现代数量遗传学14

1.1.4数量遗传学在我国的发展14

1.2群体遗传学基础及其发展15

1.2.1孟德尔群体遗传结构的数学模型15

1.2.2随机交配下理想大孟德尔群体的平衡17

1.2.3群体在非随机交配下的遗传效应19

1.2.4改变群体基因频率的因素29

1.3统计学基础31

1.3.1正态分布及其参数估计32

1.3.2有限混合正态分布及其参数估计35

1.3.3线性统计模型基础40

第2章 近交与随机交配群体的遗传分析54

2.1基因型与环境54

2.1.1表现型值与基因型值54

2.1.2基因型与环境互作的方差分析55

2.2基因型值分解、基因的平均效应和育种值56

2.2.1基因型值的分解56

2.2.2平衡群体中基因的效应58

2.2.3平衡群体中个体的育种值和育种效应60

2.2.4育种值和基因型值的关系60

2.3近交群体数量性状的世代均数分析62

2.3.1世代平均数的遗传组成（期望组分）62

2.3.2遗传参数估计与遗传模型检验65

2.4近交群体数量性状的世代方差分析75

2.4.1不分离世代的方差75

2.4.2分离世代集团混种（混养）的方差剖分76

2.4.3 F1代连续自交的分支交配系统方差的逐级分解77

2.4.4 S3、S4世代方差的分解81

2.4.5显性度83

2.4.6自交选择的最适世代及分离极限估计85

2.5连锁对世代均数和方差的影响86

2.5.1加性-显性遗传模型下的两对与多对基因连锁的F2代遗传分析86

2.5.2连锁对F1代连续自交的分支交配系统方差的影响90

2.5.3连锁不平衡群体92

2.6随机交配群体中亲属间的相关与回归93

2.6.1随机交配平衡群体中亲属遗传协方差及其相似性93

2.6.2近亲交配群体的近交系数计算101

2.6.3亲属协方差的一般形式105

2.6.4常见亲属协方差组分中u和r的计算106

第3章 重复力、遗传力、相关及其估计109

3.1重复力、遗传力和相关的概念109

3.1.1遗传力（率）和重复力（率）109

3.1.2表型相关、遗传相关和环境相关111

3.1.3亲属间的表型相似性113

3.2重复力、广义遗传力估计及重复力的应用113

3.2.1单因素遗传设计试验的组内相关估计方法114

3.2.2重复力的准确度及其应用120

3.3狭义遗传力的估计123

3.3.1用双亲本杂交类型遗传设计估计遗传力123

3.3.2用NCⅠ遗传设计试验估计狭义遗传力127

3.3.3用NCⅡ遗传设计试验估计狭义遗传力141

3.3.4用NCⅢ遗传设计估计狭义遗传力145

3.4多个数量性状的遗传力和相关估计148

3.4.1单因素遗传设计完全随机区组试验估计方法148

3.4.2 NCI遗传设计完全随机试验的多性状遗传力和相关估计155

3.5阈性状及其重复力、遗传力的估计164

3.5.1阈性状的重复力估计165

3.5.2阈性状的遗传力估计169

3.6遗传力、重复力显著性测验原理175

3.6.1均方的方差估计175

3.6.2均方比的方差估计175

3.6.3常用遗传设计试验中组内相关系数的假设检验176

第4章 选择原理、方法和模型183

4.1选择的基本原理183

4.1.1选择及其预期选择反应184

4.1.2选择极限与世代选择效率指数187

4.1.3世代间隔、单位时间遗传进展与现实遗传力190

4.2单性状选择方法192

4.2.1个体选择192

4.2.2家系选择与同胞选择193

4.2.3家系内选择194

4.2.4合并选择195

4.2.5几种选择方法相对效率比较196

4.3间接选择和综合选择指数199

4.3.1间接选择199

4.3.2多性状的选择-综合选择指数201

4.3.3选择指数的通径分析和决策分析205

4.3.4相关遗传进展分解原理与决定系数遗传力207

4.4通用选择指数211

4.4.1通用选择指数212

4.4.2通用选择指数的通径分析和决策分析218

4.5组合性状与组合性状对分析219

4.5.1约束组合性状分析219

4.5.2约束组合性状对分析及其通径分析、决策分析234

第5章 主基因-多基因遗传体系分析243

5.1单个分离世代数量性状的分离分析244

5.1.1单个分离世代表型分布的主要特征244

5.1.2 F2代数量性状分离分析模型245

5.1.3回交世代的主基因-多基因混合遗传分离分析模型251

5.1.4单个分离世代数量性状分离分析的一步法和两步法257

5.2数量性状的多世代联合分离分析简介263

5.3主基因-多基因数量性状的综合选择指数272

5.3.1综合选择指数原理273

5.3.2应用举例273

第6章 交配效应与配合力分析278

6.1交配效应分析278

6.1.1近交衰退278

6.1.2近交导致的群体遗传方差再分配283

6.1.3杂种优势288

6.1.4杂交引起的群体遗传方差再分配293

6.1.5近交、杂交与环境方差298

6.1.6杂种优势的机理300

6.2配合力分析302

6.2.1配合力概念及其方差303

6.2.2配合力估计的试验设计方法305

6.2.3双列杂交完全随机区组试验的配合力分析306

6.2.4关于多元双列杂交的配合力分析351

第7章 数量性状与分子遗传学358

7.1数量性状与遗传学358

7.1.1数量性状与经典遗传学358

7.1.2数量性状与分子遗传学360

7.1.3遗传标记与基因定位362

7.2 QTL的初级定位及其作图原理365

7.2.1作图群体的建立366

7.2.2图谱构建的理论基础367

7.3单标记分析法375

7.3.1单标计分析样本资料表375

7.3.2用重组率r表示的标记和QTL基因型频率表375

7.3.3基于标记分组的标记和QTL的共分离信息376

7.3.4均值差-方差分析法及参数估计379

7.3.5最大似然估计的EM算法384

7.4区间作图法和复合区间作图法388

7.4.1区间作图法388

7.4.2复合区间作图法392

7.5数量性状的标记辅助选择396

7.5.1标记值选择396

7.5.2指数选择397

7.5.3数量性状的分子标记辅助选择399

7.6 KEGG通路的通径分析及其决策分析402

7.6.1 DIA方法的KEGG通路402

7.6.2 KEGG通路DIA影响的通径分析及其决策分析407

7.6.3细胞过程路梯度分析、通径分析及其决策分析408

7.6.4梯度分析、通径分析及其决策分析与DIA方法的比较418

参考文献420