图书介绍
稻属植物分蘖控制基因同源区比较研究2025|PDF|Epub|mobi|kindle电子书版本百度云盘下载
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- 张胜利著 著
- 出版社: 北京:科学出版社
- ISBN:9787030454645
- 出版时间:2015
- 标注页数:157页
- 文件大小:25MB
- 文件页数:168页
- 主题词:稻属-植物基因工程-研究
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图书目录
上篇 植物基因组同源区研究背景知识3
1植物比较基因组学研究进展3
1.1禾本科植物比较基因组学研究进展4
1.2十字花科植物比较基因组学研究进展11
2生物信息学软件在基因组测序和注释中的应用14
2.1生物信息学定义14
2.2基因组学研究中常用的生物信息学软件14
2.2.1序列组装与质量检测15
2.2.2序列注释16
3基因组测序与植物分子育种20
3.1基因组定义21
3.2基因组测序策略21
3.2.1 BAC by BAC法21
3.2.2全基因组霰弹法21
3.3关于基因组测序完成标准22
3.4 DNA测序新方法22
3.4.1 454测序系统(GS系统)22
3.4.2 Genome Analyzer测序系统28
3.4.3 SOLiD测序系统33
3.4.4 DNA测序技术回顾、总结与展望39
3.5基因组信息在植物分子育种中的应用42
4生物倍性进化与新基因形成43
4.1生物多倍体化与重新二倍体化43
4.2新基因形成45
4.2.1外显子重排(exon shuffling)介导的新基因形成45
4.2.2基因复制(gene duplication)介导的新基因形成46
4.2.3反转录转座(retrotransposon)介导的新基因形成46
4.2.4可移动元件(mobile element)介导的新基因形成46
4.2.5横向基因转移(lateral gene transfer)介导的新基因形成47
4.2.6基因断裂/融合(gene fusion/fission)介导的新基因形成47
4.2.7从头形成(de novo origination)47
下篇 稻属植物分蘖控制基因MOC1同源区比较研究53
5稻属植物分蘖控制基因MOC1同源区研究选题依据53
5.1水稻遗传改良上面临的主要问题53
5.2解决问题的突破口53
5.3稻属植物分蘖控制基因MOC1同源区研究的重要性54
6稻属概况及其基因组学基础55
6.1稻属分类概况及栽培稻起源56
6.1.1稻属分类研究进展56
6.1.2栽培稻起源58
6.2稻属植物基因组学基础59
6.2.1稻属植物染色体组型的确定59
6.2.2稻属不同染色体组型间的亲缘关系60
7野生稻中的优异基因与利用62
7.1野生稻中的优异基因62
7.2野生稻中优异基因的利用63
7.2.1抗病性63
7.2.2抗虫性63
7.2.3抗非生物胁迫性64
7.2.4品质65
7.2.5产量性状65
7.2.6细胞质雄性不育基因65
8稻属MOC1同源区研究手段66
8.1研究材料及工具66
8.1.1植物材料66
8.1.2载体及菌株66
8.1.3分子生物学试剂66
8.1.4仪器设备66
8.2研究方法67
8.2.1植物材料的培养67
8.2.2基因组DNA的提取67
8.2.3质粒DNA的提取68
8.2.4 BAC DNA的提取70
8.2.5 Southem探针的制备70
8.2.6 BAC文库Southem杂交71
8.2.7 BAC文库阳性克隆鉴定72
8.2.8 BAC DNA酶切与转膜78
8.2.9 BAC克隆Southem杂交复选78
8.2.10 BAC测序79
8.2.11 BAC序列组装与质量检测79
8.2.12 BAC序列注释79
8.2.13植物总RNA的提取与纯化79
8.2.14 RT-PCR80
8.2.15 籼稻93-11的MOC1同源区序列“缺口”(gap)填补81
8.2.16引物合成与序列测定82
8.2.17 Fgenesh对水稻基因的注释82
8.2.18公共数据来源82
8.2.19计算环境82
8.2.20序列分析用到的生物信息学软件82
9籼稻93-11的MOC1同源区序列“缺口”填补84
9.1“缺口”的大小、数目及补“缺口”扩增结果84
9.2“缺口”估计错误的发现85
9.3拼接错误的发现86
9.4基因组中的难测区段89
9.5注释分析90
9.6本章小结91
10 Fgenesh对水稻基因的注释92
10.1注释结果92
10.2注释准确性评价93
10.3高支持度外显子和基因的长度统计95
10.4关于序列注释96
10.4.1基因注释97
10.4.2基因预测软件的评价98
10.5本章小结99
11野生稻中MOC1同源BAC的筛选与鉴定100
11.1野生稻基因组BAC文库的初选100
11.1.1关于“锚定探针”100
11.1.2野生稻基因组BAC文库初选结果100
11.2对初选出的阳性BAC的复选103
11.3本章小结106
12野生稻中MOC1同源BAC的序列测定及注释107
12.1野生稻中MOC1同源BAC的序列测定107
12.2野生稻中MOC1同源BAC的序列注释108
12.2.1基因注释108
12.2.2重复序列注释110
12.3本章小结110
13稻属MOC1同源区基因保守性与重排111
13.1基因结构保守性111
13.2基因排列顺序保守性与微重排111
13.3易位-倒位引起的多基因重排113
13.4未知机制导致的基因组片段移动113
13.5关于基因组共线性和微重排的探讨114
13.6本章小结115
14基因结构验证116
14.1目标基因的确定116
14.2验证结果117
14.3关于异源多倍体中同源基因对的表达变化的探讨122
14.4本章小结123
15稻属MOC1同源区中新基因的形成及保守非编码序列的鉴定124
15.1稻属MOC1同源区中新基因的形成124
15.1.1新基因的从头形成124
15.1.2通过基因复制模式产生新基因126
15.2保守非编码序列的鉴定126
15.3本章小结127
16稻属MOC1同源区中的重复序列128
16.1重复序列注释128
16.2重复序列的类型及其对基因组结构的影响129
16.3本章小结134
17稻属植物不同基因组类型MOC1同源区间的比较研究135
17.1二倍体基因组间MOC1直向同源区比较135
17.1.1二倍体AA基因组间MOC1直向同源区比较与亚洲栽培稻起源135
17.1.2二倍体AA基因组与非AA间MOC1直向同源区比较136
17.2二倍体基因组与四倍体基因组间MOC1同源区的比较137
17.3四倍体基因组间MOC1同源区的比较139
17.4本章小结139
18稻属各基因组类型系统发育关系140
18.1稻属MOC1基因系统发育分析140
18.2关于植物系统发育问题探讨141
18.3本章小结142
参考文献143
附表151
附表1151
附表2154
缩略词157
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