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导论1

第一节 药物发现1

一、药物发现的历史1

二、药物发现的定义1

三、药物发现的阶段2

四、新药研发的社会科学5

第二节 药物设计9

一、靶点和配体10

二、药物作用的体内过程10

三、先导物11

四、合理药物设计12

五、筛选途径17

六、虚拟筛选19

七、先导物优化及药物设计原理和方法19

八、立体异构药物和外消旋转换20

结语22

第一章 基于筛选途径的药物发现24

第一节 化合物的来源24

一、天然产物的提取24

二、通过组合化学合成的化合物27

三、各研究机构库存化合物27

第二节 组合化学和化合物组合库27

一、概述27

二、固相组合合成29

三、液相组合化学43

第三节 筛选模型和方法学54

一、药物靶点的选择和确证54

二、筛选模型和方法学55

三、高通量筛选56

四、高内涵筛选60

结语62

第二章 基于靶点的药物设计64

第一节 药物发现的方法学64

一、基于功能的途径64

二、基于症状的途径65

三、基于机制的途径66

四、三种药物发现途径的特点比较67

第二节 药物靶点的发现和确证69

一、药物靶点的内涵69

二、确定药物靶点在新药研究中的意义69

三、药物靶点研究的现状69

四、药物靶点的发现途径71

五、药物靶点发现的识别和确证过程71

六、药物靶点研究的主要技术平台74

第三节 基于靶点的药物设计方法75

一、基因性靶点及药物设计方法76

二、机制性靶点及药物设计方法77

第四节 实例78

一、治疗早老性痴呆药物的研究78

二、抗消化性溃疡药物的研究83

三、抗肿瘤靶点研究88

结语94

第三章 基于性质的药物设计95

第一节 概述95

第二节 药物理化性质与其体内过程间的关系96

一、药物在体内的ADME过程96

二、药动学105

第三节 类药性及其测量方法108

一、类药性108

二、类药性的测量方法109

第四节 类药性预测方法114

一、原始数据库的分析115

二、简单的虚拟筛选方法116

三、识别药物与非药物的计算方法117

四、药动学性质预测方法118

五、类药性预测方法的比较120

第五节 药动学优化120

一、通过结构修饰改善化合物药动学性质120

二、通过制剂方法改善药物药动学性质126

结语131

第四章 基于结构的药物设计134

第一节 基本概念134

一、受体理论和药物-受体相互作用134

二、药物的结构与生物活性的关系137

三、基于结构的药物设计的策略139

四、计算机辅助药物设计140

第二节 计算机辅助药物设计的基本理论和技术142

一、三维结构的理论计算方法142

二、分子三维结构测定147

三、分子模拟150

四、计算机硬件和软件153

第三节 基于靶点结构的药物设计——直接法154

一、生长法157

二、连接法159

三、其他方法160

第四节 基于配体结构的药物设计——间接法161

一、药效基团模型法161

二、基于配体相似性的虚拟筛选165

三、二维定量构效关系166

四、三维定量构效关系方法169

结语174

第五章 药物发现的虚拟筛选方法176

第一节 概述176

第二节 化学信息处理177

一、化学信息的表示方法177

二、化合物数据库的生成和管理184

三、分子相似性和多样性分析186

四、互联网上的化学信息资源188

第三节 生物信息处理188

一、序列分析189

二、蛋白质结构预测193

三、互联网上的生物信息资源199

第四节 虚拟筛选200

一、基于靶点结构的虚拟筛选——分子对接200

二、基于配体相似性的虚拟筛选——药效基团搜寻206

三、虚拟筛选后评估211

结语211

第六章 先导物的优化213

第一节 概述213

一、模仿药物的概念213

二、优化前提214

三、优化原则214

第二节 前药原理215

一、前药的基本原理215

二、前药原理的应用217

三、靶向药物设计225

第三节 生物电子等排原理228

一、基础知识228

二、经典生物电子等排体231

三、非经典生物电子等排体的应用234

第四节 拼合原理239

一、概述240

二、应用实例241

第五节 软药设计246

一、概述246

二、软药设计方法247

结语251

第七章 酶抑制剂和肽拟似物252

第一节 酶抑制剂252

一、概述252

二、酶抑制剂的特征253

三、酶抑制剂的类型253

四、设计原理和方法257

第二节 肽拟似物267

一、概述267

二、设计方法和原理267

第三节 设计实例279

一、肾素和血管紧张素转化酶抑制剂279

二、凝血酶抑制剂286

三、HIV蛋白酶抑制剂290

结语292

书中常用缩略语293

药物设计中常用数据库的网址、内容和说明297

专业词汇汉英对照及索引301

彩图307