普通高等教育“十三五”规划教材 生物信息学 第3版2025|PDF|Epub|mobi|kindle电子书版本百度云盘下载

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第一章 生物信息学的概念及发展历史1

第一节 生物信息学的发展历史1

第二节 生物信息学的研究领域5

第三节 生物信息学的主要应用6

第四节 生物信息学面临的挑战9

思考题10

参考文献10

第二章 生物学数据库及其检索11

第一节 生物学数据库简介11

第二节 生物学数据库的数据存储格式19

第三节 生物学数据库的检索29

思考题39

参考文献39

第三章 序列比对原理40

第一节 序列比对相关概念40

第二节 序列比对打分方法43

第三节 序列比对算法49

第四节 序列比对工具52

第五节 多序列比对55

思考题58

参考文献59

第四章 蛋白质结构预测与分析60

第一节 蛋白质结构组织层次60

第二节 蛋白质结构的测定与理论预测65

第三节 蛋白质对接79

第四节 蛋白质折叠与疾病80

思考题84

参考文献84

第五章 真核生物基因组的注释85

第一节 蛋白质编码基因的注释85

第二节 RNA基因的注释90

第三节 重复序列的注释91

第四节 假基因的注释92

第五节 案例分析：黄瓜基因组的注释93

思考题100

参考文献101

第六章 转录组学102

第一节 转录组学概述102

第二节 试验设计和测序流程105

第三节 转录组数据核心分析107

第四节 功能分析112

第五节 RNA-seq数据分析案例122

思考题129

参考文献129

第七章 非编码RNA134

第一节 非编码RNA概述134

第二节 非编码RNA的分类138

第三节 microRNA140

第四节 circRNA147

第五节 其他小分子RNA150

思考题154

参考文献154

第八章 蛋白质组学156

第一节 蛋白质组学概述156

第二节 蛋白质的大规模分离鉴定技术160

第三节 蛋白质的翻译后修饰165

第四节 蛋白质分选166

第五节 蛋白质相互作用168

思考题174

参考文献174

第九章 系统生物学175

第一节 系统生物学基本概念175

第二节 系统生物学基本技术与方法179

第三节 基因表达调控网络182

第四节 代谢网络185

第五节 信号转导途径188

第六节 蛋白质-蛋白质相互作用网络195

第七节 虚拟细胞205

第八节 生物学网络的构建、分析与可视化205

思考题209

参考文献210

第十章 合成生物学213

第一节 合成生物学概述213

第二节 合成生物学基础研究经典实例216

第三节 合成生物学应用研究经典实例222

思考题225

参考文献225

第十一章 分子进化与系统发育227

第一节 分子进化与系统发育227

第二节 分子系统发育树的构建方法232

第三节 系统发育树构建及应用243

思考题254

参考文献255

第十二章 统计学习与推理258

第一节 统计学习与推理基础258

第二节 统计模型与参数推断262

第三节 聚类分析、主成分分析与Fisher判别265

第四节 贝叶斯推理270

第五节 隐马尔可夫模型272

第六节 动态神经网络279

第七节 支持向量机282

第八节 MATLAB的应用实例287

思考题290

参考文献291

第十三章 生物信息学编程基础292

第一节 Linux操作系统292

第二节 生物信息学中的编程语言297

第三节 SQL及数据库编程312

第四节 并行计算321

思考题327

参考文献327

第十四章 新一代测序技术及其应用329

第一节 测序技术概述329

第二节 第二代测序原理330

第三节 第二代测序技术的应用336

第四节 生物信息学在第二代测序中的应用338

第五节 生物信息学新技术与发展趋势343

思考题348

参考文献348