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结论1

一、蛋白质组学的概念及其发展史1

二、蛋白质组学技术方法概述3

三、蛋白质组学在肿瘤研究中的应用4

第一章 蛋白质样品制备技术8

第一节 蛋白质制备常用技术8

一、离液剂、还原剂及表面活性剂的选择8

二、细胞破碎处理9

三、组织细胞蛋白质样品的制备10

四、细胞蛋白质样品的制备12

五、体液蛋白质样品的制备15

第二节 肿瘤样品蛋白质的抽提16

一、肿瘤样品总蛋白质的抽提16

二、肿瘤样品蛋白质的分级抽提19

三、注意事项20

第二章 蛋白质组双向凝胶电泳分离技术24

第一节 双向聚丙烯酰胺凝胶电泳技术的发展24

一、固相PH梯度等电聚焦双向电泳（IPG-2DE）技术24

二、其他类型的2-D电泳技术25

三、亚蛋白质组阵列重叠群技术25

第二节 实验操作方法25

一、蛋白质组双向凝胶电泳分析的原理25

二、传统IEF方法（ISO-DALT电泳）27

三、固相PH梯度-SDS双向凝胶电泳（IPG-DALT）方法29

第三章 双向凝胶电泳图像分析与数据库的构建37

第一节 双向凝胶电泳数字化图像的获取37

一、用CCD成像仪获取双向电泳凝胶图像38

二、用扫描仪获取双向电泳凝胶图像38

第二节 双向凝胶电泳图像分析38

一、2-D图像分析软件PDQUEST简介39

二、2-D图像分析软件ImageMaster简介43

第三节 2-D数据库的构建46

一、用Make2ddb构建2-D数据库47

二、用数据库软件构建2-D数据库48

第四章 蛋白质鉴定技术49

第一节 概述49

一、质谱技术49

二、其他蛋白质鉴定技术51

三、蛋白质组分析鉴定的高通量化52

第二节 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术53

一、基质辅助激光解吸电离技术（MALDI）54

二、飞行时间质谱（TOF-MS）55

三、MALDI-TDF质谱测定肽质量指纹图（PMF）57

四、MALDI-TOF质谱仪采用源后衰变（PSD）测定多肽序列62

五、MALDI-TOF质谱技术用于蛋白质C-端序列分析64

第三节 电喷雾质谱技术67

一、电喷雾电离质谱的原理和特点67

二、电喷雾质谱法测定蛋白质和多肽分子质量69

三、电喷雾串联质谱法分析多肽和蛋白质的一级结构71

四、电喷雾串联质谱法分析化学修饰多肽和蛋白质76

五、液相色谱-电喷雾质谱法鉴定2-D胶蛋白质77

第四节 微量蛋白质氨基酸组成分析84

一、概述84

二、Fmoc-CI柱前衍生及氨基酸组成分析85

第五节 蛋白质与多肽化学法N-端氨基酸序列测定92

一、Edman降解的化学原理93

二、Edman降解过程中的起始收率和重复收率96

三、PTH-氨基酸的高效液相色谱鉴定97

四、蛋白质序列分析仪101

五、Edman降解序列测定中要注意的问题103

六、双向电泳凝胶上蛋白质点的序列测定105

第五章 定量蛋白质组学研究方法110

第一节 同位素亲和标签方法110

一、ICAT方法的原理110

二、蛋白质样品用ICAT试剂标记实验过程111

三、ICAT标记多肽用LC-MS/MS分析过程112

四、注意事项112

第二节 荧光差异显示双向凝胶电泳（F-2D-DIGE）方法113

一、荧光差示双向电泳的实验原理113

二、F-2D-DIGE实验过程举例114

三、注意事项及存在的问题115

第六章 蛋白质与蛋白质相互作用的研究技术117

第一节 酵母双杂交系统117

一、概述117

二、基本原理117

三、方法119

第二节 丝状噬菌体表面显示技术124

一、丝状噬菌体的基本生物学特征124

二、噬菌体表面显示的原理125

三、噬菌体随机多肽文库126

第三节 蛋白质芯片技术131

一、蛋白质芯片种类131

二、蛋白质芯片探针的制备132

三、蛋白质芯片的检测133

四、蛋白质芯片技术的应用133

第七章 生物信息学与蛋白质组信息学136

第一节 生物信息学概述136

一、生物信息学的定义136

二、生物信息学的诞生136

三、生物信息学的工作方式137

第二节 蛋白质组信息学概述137

一、蛋白质组信息学的兴起137

二、蛋白质组信息学的研究内容138

三、蛋白质组生物信息学展望138

第八章 蛋白质组研究常用的生物信息资源140

第一节 蛋白质组研究信息资源概述140

一、生物信息中心与数据库140

二、蛋白质芯片与蛋白质组学公司网址145

第二节 蛋白质专家分析系统145

一、SWISS-PROT的数据库格式146

二、Prosite数据库150

三、SWISS-2DPAGE数据库152

四、三维结构数据库154

五、ExPASy中的链接154

第九章 生物信息学软件在蛋白质组研究中的运用158

第一节 常用的蛋白质组生物信息学软件158

一、双向凝胶电泳 分析软件158

二、质谱结果的数据库查询159

三、其他工具软件160

第二节 蛋白质结构分析软件使用简介163

一、蛋白质分析工具软件164

二、蛋白质二级结构与三级结构分析165

第十章 实体肿瘤的蛋白质组学研究168

第一节 肿瘤蛋白质组学的研究策略和方法168

一、肿瘤蛋白质组学的研究策略168

二、肿瘤蛋白质组学的研究方法170

第二节 实体肿瘤蛋白质组学研究的现状171

一、鼻咽癌171

二、肺癌171

三、乳腺癌174

四、肝癌174

五、结肠癌175

六、肾癌175

七、膀胱癌176

八、前列腺癌176

九、其他肿瘤177

第十一章 血细胞和血液系统肿瘤的蛋白质组学180

第一节 血细胞的蛋白质组学180

一、人淋巴细胞蛋白质组数据库180

二、人血小板胞浆蛋白质组学181

第二节 部分血液系统疾病的蛋白质组学187

一、Burkitt淋巴瘤的蛋白质组研究187

二、2-DE技术揭示急性白血病与癌性蛋白18磷酸化高度相关189

三、维甲酸诱导急性早幼粒细胞白血病细胞凋亡始动时相的蛋白质组学分析189